على الرغم من قوائدها الكثيرة، إلا أن الإفراط في شرب القهوة يؤدي إلى الكثير من الأعراض السلبية على جسم الإنسان، شرب الكثير من القهوة يوميًا يمكن أن يثير قلقك وقد يجعلك تشعر بمزيد من التوتر، حيث أن كوب واحد من القهوة يحتوي على حوالى 80-140 مجم من ​الكافيين​، ويقال إن تناول أكثر من 500 مجم من الكافيين يمكن أن يثير القلق والتوتر، بالإضافة إلى بعض الأثار السلبية ومنها:

1- ​اضطرابات القلق​، قد يزيد الكافيين الموجود في القهوة من القلق.

2- اضطرابات النزيف، هناك بعض القلق من أن القهوة قد تجعل اضطرابات النزيف أسوأ.

3- ​أمراض القلب​، إن شرب القهوة غير المفلترة يزيد من كمية ​الكوليسترول​ والدهون الأخرى في الدم، كما يرفع مستوى الهوموسيستين، وكلها مرتبطة بزيادة خطر الإصابة بأمراض القلب، وتشير بعض الأبحاث إلى وجود ارتباط بين النوبات القلبية وشرب القهوة.

4- داء السكري، تشير بعض الأبحاث إلى أن الكافيين الموجود في القهوة قد يغير الطريقة التي يعالج بها مرضى السكري، وتم الإبلاغ عن أن الكافيين يسبب زيادات وكذلك انخفاض في نسبة السكر في الدم، استخدم الكافيين بحذر إذا كنت مصاباً ب​مرض السكري​ وراقب نسبة السكر في الدم بعناية.

5- ​​​​​​​ارتفاع ضغط الدم، قد يؤدي شرب القهوة المحتوية على الكافيين إلى زيادة ضغط الدم لدى الأشخاص المصابين بارتفاع ضغط الدم، ومع ذلك قد يكون هذا التأثير أقل لدى الأشخاص الذين يشربون القهوة بانتظام.